FBI人员从华盛顿搬家至西雅图，参加了一个由前任执法官员组成的千禧年神秘组织，而随着千禧年的到来，各种罪案出现……96年至99年，福克斯公司先后拍摄该剧三季。该剧十分精彩，而福克斯至今未发行二、三季的问题仍然吊着观众的心。用该剧广告语形容此片恰如其分：我们并不想恐吓你，而只是想让你感到更加恐怖……

到底那些无日无亡的外星人接触事件，不可解释的超自然现象，数目越来越多的飞碟目击报告，是真有其事还是纯属子虚乌有呢？政府知道多少？他们是否早就和外星人建立了联系？他们又有没有隐瞒真相？这种猜疑在这二十年来普遍反映在美国的影视娱乐圈里，不只众多的电影和电视剧绕着这些问题打转，而且还有很多红星和娱乐业老板级的人物形成了仿如神秘教派般的组织。这些组织有人泛称为“科学教”，据说斯皮尔伯格、阿诺·施瓦辛格和约翰·特拉沃尔塔（Ｊｏｈｎ　Ｔｒａｖｏｔａ）都是成员，他们投资有关研究，实践一些“外星人”传不来的指示。譬如约翰·特拉沃尔塔就把他新生的女儿关在一个完全与外界隔绝的玻璃房里，直至一岁为止，以避免空气中看不见的伤害，和培育天生的超能力云云。
这些神秘的教派影响力巨大，不只控制了半个好莱坞，其成员还包括了政商界里的实力派人物。你不难发现《Ｘ档案》里的情节和这些民间传说若合符节，因为它的创作者卡特（Ｃｈｒｉｓ　Ｃａｒｔｅｒ）就是以揭露这些事实为己任。《Ｘ档案》还好，容易让人当成普通科幻片；但他的另一部作品《千年追凶》（Ｍｉｌｌｅｎｉｕｍ，港译《千禧年》）就真是直指核心了，把飞碟教等黑暗势力连上古代的共济会和圣殿骑士团等地下教会，而且影射出许多真人真事。所以这部剧集虽然制作完美，大受欢迎，但却因为“太过写实”而受到电视公司背后巨头的压力。